薩薩摩藩第9代･島津忠国が、戦場に必要な旗竿を確保するために、神社境内に今の熊本県から良質の竹を移植させたことから「旗山神社」と命名されたといい伝えられています。竹林は、いわゆる旗竿山の二ヶ所にありました。
この神社の創建は定かでありませんが、棟札の中で最古のものは慶長20年（1615）4月のものがあるので、それ以前であることは間違いありません。この年に大阪夏の陣があり豊臣氏が滅亡しています。
この神社の祭神については諸説あるので、ここでは『三国名勝図絵』の記録を紹介します。「本殿に南北２基が並び、南位を旗山大明神、北位を狩長大明神という。旗山大明神の祭神は大戸道尊（おおとのじ）、大戸閉尊（おおとのべ）、あるいは猿田彦ともいう。」狩長大明神の祭神には触れていません。
境内にある伽藍神と呼ばれる樟の老木は、幹廻り15.7ｍ、高さ23.7ｍあり、樹齢は千年以上と言われています。町の天然記念物となっており、木の中は空洞になっていて祠が置いてあります。
旗山神社では大隅半島だけに伝承されている、きわめて古い形式の正月行事「柴祭り」（山仕事並びに農作業始めの祭り）が毎年１月２日から４日にわたって執り行われています。柴の悪霊祓いを行い、また神主が狩人になり、猪の模型を弓で狩る仕草や、境内をはじめ山や各集落を廻り、独特の唱え文句を歌いながら種蒔き・田植の所作を行います。
秋から冬にかけては、神木となっている大イチョウが境内一帯を黄色の絨毯にします。
（文責：朝倉悦郎）